高郵土地肥沃，物產豐富，素有“魚米之鄉”之稱。京杭大運河高郵段以東16個鎮以種植水稻、小麥、棉花、油菜為主，高郵湖以西4個鄉鎮以種植水稻、小麥、油菜為主，其中菱塘回族鄉、天山鎮分別兼種湖桑、茶葉。全市今存植物479種，其中木本植物203種、草本植物220種、水生植物56種。野生植物資源主要有柳樹、刺槐樹、榆樹、楊樹等59科、108屬、177種，豨薟草、青蒿等60科、140屬、200種。綠化造林樹種有61科、132屬、274種。其中，喬木161種，灌木99種，藤本植物14種；落葉樹種162種，常綠樹種112種；闊葉樹種216種，針葉樹種58種。淡水漁業資源豐富，碧波浩渺的高郵湖、京杭大運河高郵段以東成網的河渠、東北部成片的蕩灘，為發展淡水養殖提供了條件，同時也適宜于高郵鴨、揚州鵝的生長。水產資源有銀、鯉、青、草、白、鱔魚和蟹、蝦等63種；野生動物資源有野雞、野鴨、秧雙雙鳥、野兔、黃鼠狼等，鳥類約有120種，其中國家一級保護鳥類有東方白鸛、大鴇、丹頂鶴等。礦產資源主要有石油、天然氣和品質好、儲量大的礦泉水，已開發儲量近千萬噸的大中型油田有金沙油田和馬頭莊油田。